一、学院委员会

1、党政联席会

2、党委会

3、院务委员会

4、学院教学（教育）委员会

5、学术委员会（含学位委员会）

6、学生工作委员会

二、行政机构

（一）教学机构

1、教学系：药学系、制药工程系、中药学系

2、教研室：药用资源教研室、药物化学教研室、药理学教研室、药物分析评价与应用教研室

（二）科研平台（省级及以上）

1、武陵山区药用资源化学与药理湖南省高校重点实验室

2、杜仲综合利用技术国家地方联合工程实验室（参与共建）

3、民族药传承与创新国家民委重点实验室

4、武陵山地区民族药解析与创新湖南省工程实验室

5、湖南省土家医药研究中心/国家中药现代化工程技术研究中心“土家医药分中心”

6、“湖南中药与天然药物”湖南省高校产学研合作示范基地

（三）支撑机构

1、党政办公室（综合办）

2、本科教学工作办公室（教务办）

3、学科科研与研究生教育办公室（学科研究生办）

4、实验室与实践基地管理中心（实验中心）

三、党群机构

（一）党务机构

 1、教工党支部

2、学生一党支部（药学系学生党支部）

3、学生二党支部（制药工程系学生党支部）

4、学生工作办公室

（二）共青团组织：共青团吉首大学药学院委员会

（三）群众组织

1、学院分工会

2、关心下一代工作委员会

3、学院社团组织

4、学院学生科协（筹）

（四）学生组织：学生会