吉首大学药学院立足于武陵山片区特色生物医药资源开发、利用与保护，致力于为国家培养高级医药人才。现有药学、制药工程、中药学三个本科专业，生物与医药（制药工程方向）硕士专业。追溯历史渊源早在1973年原吉首卫校就开办了中药学专业，中药学专业毕业的校友，涌现出了一大批优秀人才。2012年学校开办制药工程专业，2016年开办药学专业。2020年9月学校根据学科发展规划，以化学化工学院的制药工程专业和生物资源与环境科学学院的药学专业为基础，整合校内有关科研平台和医学院部分师资正式组建成立药学院。

药学院依托武陵山地区得天独厚的生物医药资源开展教学、科研和社会服务。经多年研究积累与科研平台建设，现拥有“杜仲综合利用技术国家地方联合工程实验室”国家级科研平台，“土家族医药传承与创新国家民委重点实验室”“武陵山地区民族药解析与创制湖南省工程实验室”“湖南省土家医药研究中心”“国家中药现代化工程技术研究中心土家医药分中心”“湖南中药与天然药物”产学研基地、“武陵山区药用资源化学与药理”湖南省高校重点实验室等省部级科研平台，相关仪器设备固定资产价值1300余万元。

学院建立了一支团结奋进、潜心育人的优秀师资队伍，专任教师34人，医药行业兼职教师10人，专任教师中博士学历占80%，有教授11人、副教授8人、讲师8人，博士、硕士研究生导师15人。有湖南省“新世纪121人才工程”人选2人、湖南省“121创新人才工程”及“芙蓉学者”计划人选各1人、湖南省青年骨干教师6人，拥有国家级学会专业委员会委员、省级学会常务理事以及SCI期刊编委13人，1人入选全球前2%顶尖科学家榜单。教师主持国家自然科学基金项目27项，参与国家863课题2项、科技基础性专项重点项目3项。获得湖南省自然科学奖二等奖1项、三等奖2项，技术发明奖三等奖1项，科技进步奖二等奖3项、三等奖4项，拥有发明专利50余项。教师先后出版研究专著9部，发表SCI学术论文160余篇。学院辅导员队伍坚持“围绕学生、关照学生、服务学生”工作理念，致力于学生思想政治和日常管理服务工作，为学生的健康成长成才保驾护航。

学院现有在籍全日制本科、硕士生950余人，继续教育学生500余人。具有“生物与医药——制药工程”硕士专业学位点，参与“生物学”“化学”“临床医学”一级学科硕士学位点研究生培养以及“化学”“生态学”一级学科博士点学科建设。2020年药学专业成功入选湖南省“一流专业”，“药理学”入选湖南省“一流课程”，“药学类专业创新创业教育中心”成功入选湖南省高校创新创业教育中心。

学院狠抓高质量培养和高质量就业，凝炼形成了以院训“厚德 博采 精药 济世”为主要内容的学院文化，确立了创建“三型学院”（学习型、创新型、活力型）培养“三勤学生”（勤学习、勤研究、勤实践）具体目标。学院注重学生创新创业能力培养，“药学类专业创新创业教育中心”入选湖南省高校创新创业教育中心，“吉首大学--怀化正好制药有限公司校企合作创新创业教育基地”入选湖南省校企合作创新创业教育基地，设立了“九洲药业创新性研究项目”（浙江九州药业公司设立）“迪诺制药创新性研究项目”（湖南迪诺制药股份有限公司设立），探索实施“研究型人才培养计划”“卓越中医药人才培养计划”（药学、中药学专业）“卓越工程师培养计划”（制药工程专业），举办“科技文化艺术节”活动，设立“药好青春”立人教育讲坛和“药学讲坛/药学大讲堂”学术论坛等。学院大力支持学生参加各级学科竞赛和创新创业大赛，近年来，制药工程专业学生参加全国大学生制药工程设计竞赛（该专业顶级赛事）获得一等奖1项、二等奖6项、三等奖6项，获得湖南省“挑战杯”竞赛二等奖1项、“互联网+”大赛二等奖1项、三等奖2项。药学专业参加全国医药院校药学专业大学生实验技能竞赛（该专业顶级赛事）获得二等奖2项，获得湖南省“挑战杯”竞赛二等奖5项、“互联网+”大赛二等奖1项。学院鼓励学生考研深造，实施“保研计划”，推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位，被推免录取的单位均为国家科研机构或者全国一流大学，学生升学率35%左右。

学院对标行业需求，高度重视院企合作，“吉首大学药学院--天地恒一制药股份有限公司”就业实习基地项目入选教育部第二期供需对接就业育人项目。实施“实习就业融合模式”，毕业生深受广大药企、事业单位、行政部门、科研院所、双一流院校青睐。药学院与中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所、中国中医科学院中药研究所以及中山大学、中南大学、湖南师范大学等高校开展深度合作，为中国民族医药协会常务理事单位、国家南药科技创新联盟理事单位、湖南省药学会和湖南省中药材产业协会理事单位以及湘西州药学会副理事长单位等。与浙江九州药业、杭州中美华东制药、北京博瑞霖医药、湖南尔康制药、湖南华腾制药、湖南迪诺制药、天地恒一制药、湖南正清制药、湖南华纳大药厂、长沙都正生物科技、湖南九典制药、湖南湘源美东医药科技、长沙晶易医药科技、湘温集团宏成制药、湖南湘泉药业、湘西州民族中医院、怀化市第五人民医院等多家医药企业和医院建立起实践教学、科研和就业等深度合作。

药学院党委2023年荣获学校“先进基层党组织”荣誉称号，2022年、2023年连续两年学院荣获学校“师德师风建设先进单位”。学院认真落实立德树人根本任务，以建设一流学科、一流专业为目标，凝心聚力、开拓创新，全力打造优势学科和专业，为实现学院内涵式发展和跨越式发展而努力奋斗。